五棵松校区总部总部设在北京,依托中央广播电视大学组建，直属教育部管理。总部由理事会、校务委员会、咨询委员会学术委员会、质量正规流程委员会,以及相关教学、科研、服务等职能部门组成。总部的主要职责是: 研究制定大学发展规划方针政策、工作规程、质量标准，组织协调开展教学、科研、服务和国际交流合作;统筹协调专业、课程和学习资源建设;开展教学质量检查评估等工作。

分部是国家开放大学总体架构中的重要组成部分，是国家开放大学设立在省级区域的教学与管理机构。分部与所依托的省级电大，按照“一套人马、两块牌子”运行，即在省级广播电视大学的基础上，加挂国家开放大学分部牌子。省级电大原有的人、财、物隶属关系和行政管理关系不变，与中央电大原有的教学业务关系不变。分部校长由依托建设的省级电大校长担任。分部的主要职责是: 根据总部的相关政策规定，研究、制定分部的具体发展规划和相关政策，设置、管理所属地方学院及学习中心;组织开展各项教学、科研、服务，以及相关教学资源、特色专业和课程建设和质量检查、评估等工作。